علما و اندیشمندان اهل سنت از دیرباز نگاهی نقادانه به فرهنگ و معارف شیعی داشته و همواره سؤالات و شبهاتی را مطرح کرده که با ظهور وهابیت و تفکر سلفی تکفیری در شبه جزیره عربستان و بهره‌مندی این فرقه از منابع سرشمار مالی روند وسیع‌تر و شدید‌تری به خود گرفته است.
امروز وهابیت برای مقابله با فرهنگ نورانی شیعه و حتی اهل سنت با تمام توان به میدان آمده و از هیچ کوششی در راستای بدبین کردن جوانان به تشیع و ترویج فرهنگ باطل وهابیت دریغ نمی‌کنند.
مخالفان مکتب اهل بیت(علیهم السلام) با پیروزی انقلاب اسلامی ایران و گسترش فرهنگ تشیع موقعیت خود را در خطر دیدند و با تألیف کتابهای ضد شیعی مملو از تهمت و کذب سعی در مخدوش کردن چهره نورانی مذهب شیعه در سطح جهانی گرفتند. بنابراین مسئولیت شرعی و دینی پاسخگویی به این شبهات وظیفه حوزه های علمیه است، لیکن یکی از مشکلات اصلی موجود در حوزه های علمیه، کمبود متخصصان کارآمد و اهل قلم در حوزه های گوناگون علمی است. تمامی این مسائل ما را بر آن می‌دارد که به این مقوله‌ی مهم و حیاتی به گونه‌ای فوق تخصصی و به روش کاربردی «آموزش ضمن تحقیق» بپردازیم.
بر اساس همین ضرورت مرکز تخصصی مطالعات تطبیقی مذاهب اسلامی تحت اشراف دفتر مرجع فقید حضرت آیت الله العظمی فاضل لنکرانی(ره) با بیش از 14 سال سابقه اجرا در حوزه علمیه قم و 5 سال در حوزه علمیه مشهد مقدس بر آن است تا با استعانت از خداوند متعال و با همکاری مرکز مدیریت حوزه علمیه مشهد مقدس گامی در این جهت مهم بردارد.
سطح دو و سه پیوسته کلام اسلامی با رویکرد سلفی پژوهی ضمن آموزش مبانی اعتقادی تشیع و مهارتهای لازم جهت تبلیغ و دفاع از کیان تشیع به شناخت تاریخ، انديشه و عقايد فرق و مذاهب اسلامي بویژه وهابیت و ارتباط با اندیشمندان و پیروان سایر مذاهب پاسخ گوئی به نیازهای مربوط، تدريس و تحقيق در حد تحليل و بررسي تطبيقي مسائل مربوط به کلام اسلامي به ویژه سلفی را پيدا مي‌كنند و در پايان موفق به دريافت دانشنامة اين رشته مي‌شوند.
- شناخت استدلالي عقايد شيعه و دفاع از آن و پاسخ‌گويي به پرسش‌ها وشبهات
- توسعه و تعميق شناخت نسبت به مسائل ولايت و امامت بر مبناي ادلة عقلي و نقلي
- تبليغ و ترويج معارف و فرهنگ اهل بيت(علیهم السلام)باتوجه به زمينه‌هاي فكري ساير مذاهب
- بازخوانی اندیشه مذاهب اسلامی در حوزه های کلام، فقه، تفسیر، حدیث و...
- تاریخ تفکر جریان های سلفی تکفیری و تبیین جنایات و خطرات
- بررسی مشکلات جهان اسلام و گسترش گفتمان هم گرایی
- جریان شناسی و نقد مبانی سلفیه تکفیری
- تقويت توان مناظره وارتباط با علما و انديشمندان ساير مذاهب اسلامي
- افزايش توان تحقيق، در حدّ تحليل وبررسي تطبيقي
- شناخت و نقد ديدگاه‌هاي انحرافي، تقويت توان پاسخ‌گويي به شبهات در حوزه امامت
- آشنايي با فرق و مذاهب کلامی جهان اسلام
- فراهم كردن بستري مناسب براي نظريه‌پردازي و طرح مباحث نوين در عرصه‌هاي كلام، فقه، تفسير، مباني حديث و رجال، تاريخ تطور انديشه مذاهب، و همچنين برقراري گفتمان علمي ميان مذاهب اسلامي
- رسالت حوزه علميه در تربيت انديشمندان متكلم جهت تبيين، ترويج و دفاع از عقائد شيعه اماميه.
- رسالت حوزة علميّه در تربيت مبلّغان روزآمد و توانمند جهت تبيين، ترويج و دفاع از عقايد شيعة اماميّه و ايجاد اخوّت اسلامي.
- نياز نظام و اجتماع اسلامي به روحانيان توانمند، جهت تبيين و ترويج مكتب اهل‌بيت(علیهم السلام)و ايجاد هم‌گرايي اسلامي در مقابله با تهاجمات فكري و فرهنگي استكبار جهاني و سلفیان تکفیری.
- نبود متخصصان کارآمد در زمینه شناخت آراء و اندیشه های مذاهب اسلامی.
- نياز اجتماع به تبيين و ترويج عقائد شيعه و دفاع از آن در مقابله با تهاجمات فكري.
- اهتمام به تقويت استقلال فكري و اعتماد به نفس در مسائل علمي
- اهتمام به تقويت تعبّد، تعهّد ديني، تحکیم عقايد شيعة اماميّه و دفاع از آن عقائد حقه
- اهتمام به تقويت مباني نظام اسلامي و ترويج ارزش‌هاي آن
- تأكيد بر آموزش پژوهش‌محور به روش انبوه خوانی،حل مسأله،مقاله نویسی و....
- تأكيد بر بهره‌گيري از روش‌هاي كارآمد آموزشي با اهتمام به سنّت‌هاي حوزوي
- تأكيد بر پويايي برنامه‌هاي آموزشي، پژوهشي و مهارتي و توجّه به نيازهاي روز
- تأكيد بر استفاده از متون آموزشي واجد استانداردهاي لازم
- تأكيد بر شناسايي استعدادهاي برتر در زمينة تحقيق، تدريس، تبليغ و مديريت فرهنگي در مناطق چند مذهبي
- اهتمام به دروس فقه واصول ونظارت بر اجراي آن
نظام آموزشي اين رشته، حضوري، پيوسته و سالي واحدي است. طول دوره، چهار سال است. این دوره متشکل از 20 دانش پژوه با رویکرد پژوهش محور می باشد. که کلیه دروس همه روزه و در نوبت عصر برگزار میگردد. در این دوره همزمان با گذراندن دروس اختصاصی در موضوعات عقائد شیعی و نقد وهابیت، با استفاده از اساتید مجرب به عنوان مشاور، تحقیقات شروع شده و آموزش های لازم توسط اساتید مربوطه به شکل کارگروه‌های چند نفره ارائه می گردد. همچنین شایان ذکر است که در ضمن دوره، از اساتید مطرح در زمینه شیوه نگارش نیز بهره خواهند جست.
1.کلام امامیه 2.کلام مقارن(توحید،نبوت،معاد)
3.فقه مقارن 4. امامت مقارن(عامه،خاصه1و2)
5.مبانی عام و خاص سلفیه 6.علم الحدیث تطبیقی
7.شبهه شناسی 8 . منطق تخصصی
9. فلسفه 10.کتاب شناسی و نقد و بررسی مبانی رجال اهل سنت. 11.کتاب شناسی مبانی رجال شیعه
12.نقد و بررسی مذاهب کلامی اهل سنت
13.نقد و مناظره 14.نقد و بررسی مذاهب فقهی اهل سنت
15.کتاب شناسی احادیث شیعه 16.نقد و بررسی جوامع حدیثی اهل سنت
17.تاریخ تشیع 18. و...
- توان تحقیق و نوآوری در عرصه های تاریخ فرق و مذاهب اسلامی
- توان تدریس دروس مذاهب اسلامی در مدارس و مراکز آموزش عالی.
- توان فعالیتهای فرهنگی و تبلیغاتی در محیط های چند مذهبی
- توان ورود به دوره های دکتری مرتبط.
شایان ذکر است، دانش آموختگان این رشته با توانایی که از مطالعات از مبانی کلام شیعی و مذاهب اسلامی به دست می‌آورند، قادر خواهند بود هم چون پژوهشگری توانا در عرصه‌ی مذاهب مختلف اسلامی، هم در مراکز علمی سودمند باشند و هم به دلیل آگاهی دقیق از مذاهب، گام‌های عملی در جهت تقریب و وحدت جهان اسلام بردارند و بسیاری از سوء تفاهم‌ها را از بین ببرند.